Luiz Fernando Beira-Mar foi denunciado pelo Ministério Público do Rio de Janeiro em 2000, junto com outros oito co-réus. Antes do julgamento, a defesa chegou a pedir um habeas corpus no STJ (Superior Tribunal de Justiça) para que o traficante não fosse julgado no 4º Tribunal do Júri. Porém, o pedido foi negado pela desembargadora convocada Jane Silva, da 6ª Turma do tribunal. A magistrada constatou que os autos não estavam devidamente instruídos. Além disso, segundo a decisão, o habeas corpus estava sendo usado para resguardar direitos do Estado na persecução penal.
De acordo com a Promotoria, em maio de 1996, em Duque de Caxias, na altura da Favela Vila Ideal, policiais avistaram um Monza com quatro homens suspeitos. O veículo foi perseguido e, ao parar na entrada da favela, seus ocupantes começaram a atirar nos policiais.
Segundo o MP, os disparos foram efetuados para dar cobertura a Charles Silva Batista, o Charles do Lixão, líder do tráfico de entorpecentes no local. Primeiro denunciado pelo Ministério Público, Charles do Lixão é o único acusado pelas tentativas de homicídio dos policiais, por ter determinado a morte das vítimas com o objetivo de evitar sua prisão em flagrante delito.
Além de Beira-Mar e Charles Batista, foram denunciados Joãozinho, Ricardo Pereira da Silva, o Ricardinho, Josenildo Ramos da Silva, Rosenildo Lucena Mendes, Walter David de Sant´Anna, o Vavá, Márcio de Oliveira Diniz, o Jaz, e Oliciano do Nascimento, o Ulisses. Apenas o processo do Fernandinho Beira-Mar, que tramitava em Caxias, foi deslocado para o 4º Tribunal do Júri da capital.
Ainda segundo o Ministério Público, os denunciados faziam parte do Comando Vermelho e estariam associados para buscar a expansão dos negócios ilícitos com intuito de dominar o narcotráfico em Duque de Caxias.
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