O magistrado teria praticado nepotismo ao solicitar a requisição de seu sobrinho da prefeitura de Cachoeira da Prata (MG) com uma função comissionada. Em 2006, Wlinton Militão teria recebido dois ofícios do diretor do Foro da Seção Judiciária questionando a existência de parentes sob sua subordinação e recebendo função comissionada, aos quais respondeu garantindo a inexistência.
O Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF-1) instaurou processo administrativo para a apuração da denúncia de nepotismo, comprovando a existência do sobrinho exercendo função comissionada no gabinete do juiz. Em sua defesa no processo, o magistrado afirmou que não sabia da proibição de requisição de parentes quando estes eram servidores efetivos do Poder Executivo Municipal.
A maioria dos desembargadores decidiu pelo arquivamento do processo por entenderem que a alegação do magistrado era pertinente e que a resolução do Conselho Nacional de Justiça não era clara sobre a requisição de parentes concursados.
A PRR-1 entrou com um pedido de revisão do resultado no Conselho Nacional de Justiça questionando os argumentos do juiz, ao afirmar não saber da proibição da resolução do Conselho, e alegando que o magistrado faltou com a verdade nos ofícios respondidos ao diretor do Foro, cometendo falsidade ideológica.
Operação Pasárgada – O juiz federal aparece também na lista de suspeitos da Operação Pasárgada, que investiga um esquema ilegal de negociação de decisões judiciais para repasse irregular de verbas do Fundo de Participação dos Municípios, junto com dezenas de prefeitos, advogados, servidores públicos federais e municipais, conselheiros de Tribunais de Contas e um desembargador federal.
