Com o apoio de Fernando Pimentel ao nome de Patrus Ananias na disputa da Prefeitura ocorrida nas eleições de 2012, o nome de Pimentel foi consolidado como candidato único do PT para disputar o Palácio da Liberdade no próximo ano, com o apoio do próprio Patrus.
Segundo Reginaldo, a decisão pertence tão somente a Pimentel, pelo partido está decidido, ele é o nome que une o PT em Minas.
Em 2000 Pimentel foi eleito vice-prefeito na chapa do prefeito eleito de Belo Horizonte, Célio de Castro. Com a doença do titular, em novembro de 2001, ele assumiu a prefeitura interinamente e definitivamente em 2003 quando Célio em conseqüência dos problemas de saúde se aposentou.
Em 2004 Fernando foi reeleito prefeito da capital mineira, tomou posse em 2005 e encerrou seu mandado em 2008, quando o atual prefeito Márcio Lacerda foi eleito prefeito de Belo Horizonte, com uma estranha aliança, entre o PSDB de Aécio Neves e o PT de Pimentel, que indicou como vice-prefeito de Márcio, o então deputado estadual Roberto Carvalho, que em pouco tempo tornou-se desafeto pessoal de Márcio Lacerda. Nas eleições para prefeito em 2012, o acordo sui generis entre o PSB de Márcio Lacerda, com o PSDB de Aécio Neves e o PT de Pimentel foi rompido.
Fernando Pimentel, junto com o ministro Aloízio Mercadante, é uma dos ministros mais próximos da Presidenta Dilma. Pimentel e Dilma na época da ditadura Militar estiveram na mesma organização de resistência e combate aos militares, a VAR-Palmares (Vanguarda Armada Revolucionária Palmares)
